目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法，但是该选哪一个呢？许多序列分析的专家认为，这取决于基因组的大小、读取有多长，以及采用的是哪种测序技术。通常，软件还需要优化，以满足每个实验室的独特需求。在此，我们整理了这些数据分析工具的信息，供大家参考。
Alignment与mapping:BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page
CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2
LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml
MUGSY: http://mugsy.sourceforge.net
MUMmer: http://mummer.sourceforge.net
Assembly:SOAPdenovo: http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html
Abyss 1.3.0: http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0
Arachne & AllPath: https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-
TotalReCaller: http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller
Velvet: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet
VISTA tools，包括AVID: http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml
ABI数据分析软件：http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/ngs-data-analysis-software.html
Illumina的软件：http://www.illumina.com/software.ilmn
ION PGM测序仪的社区：http://www.iontorrent.com/forum/
另外附上一些精选的数据分析工具：
名称链接评论基因组重测序Bwahttp://bio-bwa.sourceforge.net比对工具Dindelhttp://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel小的插入/缺失发现Erdshttp://www.duke.edu/~mz34/erds.htm拷贝数变异发现Pindelhttp://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/小的插入/缺失发现Samtoolshttp://samtools.sourceforge.net操控比对后数据的工具Sequence Variant Analyzerhttp://www.svaproject.org在基因组背景下显示变异Chip-SeqFindpeakshttp://vancouvershortr.sourceforge.netRNA-SeqCufflinkshttp://cufflinks.cbcb.umd.edu测定转录本丰度Tophathttp://tophat.cbcb.umd.edu剪接点定位De Novo 拼接Oaseshttp://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/根据转录组数据拼接基因组浏览器Integrated Genome Browserhttp://www.bioviz.org/igb/Integrative Genomics Viewerhttp://www.broadinstitute.org/software/igv/